6月2、3日，軍隊分批秘密進城，包圍了廣場一帶。6月3日早上，由於開路的越野車及後來運載軍械的旅遊巴士被民眾查悉，軍備被沒收。

下午，當局為奪回旅遊巴士上的鎗械，北京公安警察、武裝警察及戒嚴部隊在六部口新華門和人民大會堂西側，首次用催淚彈、塑膠子彈、警棍、長棍對付學生、工人和市民。近百名市民受傷。

晚上10時起，「鄧李楊集團」不顧學生的和平抗爭，下令戒嚴部隊不理民眾攔阻，分東西兩路進逼，派出裝甲車橫衝直撞，掃除路障，撞殺人牆，強行開入天安門廣場；期間軍人大開殺戒，從木樨地､復興門､六部口至建國門一帶的長安街上，死傷無數。

在阻截軍隊的行動上，北京市民視死如歸，以血肉之軀抵擋裝甲車及坦克車，徒手攔截手持衝鋒鎗的暴軍，前排倒下，後排湧上，表現出堅定而勇敢的大無畏精神，悲壯感人。

由於軍隊阻止民眾送受傷市民入院急救，拖延了醫治時間，致使許多群眾因未能及時醫治而犧牲了。

6月4日凌晨2時許，大批戒嚴軍隊包圍了天安門廣場，學生和民眾被趕到人民英雄紀念碑。當時正在廣場絕食的侯德健以及學生代表與軍隊談判，要求讓學生安全撤離。

後來學生「獲准」由廣場的東南角撤出，但還沒有撤出，廣場上的燈在凌晨四時突然全部熄滅，大批頭戴鋼盔、身穿迷彩軍服、手持衝鋒鎗的戒嚴軍蜂擁而至，圍住了紀念碑。另外，一批軍人更架起機關鎗，對準紀念碑正面的學生。根據倖存學生的憶述，戒嚴軍有計劃地佈了陣，然後由手持木棍、電棒的武警和軍人衝上紀念碑的第二層、第三層，狠狠的追打和平靜坐的學生，不少學生被打至頭破血流。學生於是被迫向下層逃走。同時，大批坦克車和裝甲車由天安門衝向紀念碑，將廣場上數百個帳篷營幕撞毀輾平，民主女神像也在此時被輾毀。

當日早上和下午，軍隊繼續在城內向聚集的民眾開鎗，傷亡人數無法估計。

6月5日，軍隊仍在天安門廣場駐守，市民在街上遇到駐紮的軍隊時，仍高喊反軍管、反政府的口號。這一天，北京青年王維林隻身攔截一隊坦克車，更一度攀上領前的坦克車。

6月6日清晨，大批坦克車仍嚴陣以待在天安門廣場佈防。北京市民和學生繼續架設路障，攔阻軍隊。

下午，國務院發言人袁木和戒嚴部隊少將張工舉行內地新聞界和傳播機構的記者招待會，講述有關天安門廣場「清場」事件。袁木說軍隊受傷人數5,000多，而群眾和「暴徒」則有2,000多人受傷。部隊戰士加上「罪有應得」的歹徒有近300人死亡；學生方面有23人死亡。而張工更解釋說，當晚在廣場上沒有打死過一名學生和群眾，也沒有用裝甲車、坦克車壓死、壓傷一人。

6月16日，袁木在接受美國廣播公司（ABC）訪問時，對該公司攝得戒嚴部隊進入天安門殘殺學生和市民的數千呎影帶，厚顏無恥地解釋為「以現代科技捏造」及歪曲事實的真相。